Entre los servicios que ofrece CALAGUA Unidad Mixta UV-UPV se incluye el análisis microbiológico de los sistemas biológicos de depuración. Para la determinación cuantitativa de grupos bacterianos específicos se aplica la técnica FISH junto al análisis de imagen o el análisis mediante qPCR.

Así, se pueden determinar y cuantificar grupos bacterianos de interés como bacterias amonio-oxidantes, nitrito-oxidantes, desnitrificantes, acumuladoras de poli-fosfatos, acumuladoras de glucógeno, sulfato-reductoras o arqueas metanogénicas, entre otros. También es posible determinar la viabilidad celular mediante la combinación de fluorocromos para el análisis de la integridad de la membrana y la citometría de flujo.